We welcome new students who wish to prepare their Bachelor/Master thesis in collaboration with us. The research in our group focuses on the algorithmic approaches to the analysis of the repetitive DNA in both human and plant genomes.
Suggested topics can be found in the IS, however additional topics can be negotiated without a hassle
Some of the recent student projects include:
- Program pre grafické dopytovanie nad anotáciami genómov Bc. Peter Bolha, bakalářská práce, 28. 6. 2021
- A computational pipeline for integrative annotation of repetitive sequences in eukaryotic genomes Mgr. Jana Sitárová, diplomová práce, 22. 6. 2021
- Vyhledávání sekvenčních vzorů v okolí sekvencí DNA podporujících tvorbu G-kvadruplexů Bc. Timotej Šujan, bakalářská práce, 22. 9. 2020
- Pipeline for analysis and visualization of double-strand breaks reparation Bc. Eva Klimentová, bakalářská práce, 21. 9. 2020
- Automatizovaná parametrizácia programu TE-greedy-nester pre vyhľadávanie transpozónov v genómových sekvenciách Bc. Jakub Horváth, bakalářská práce, 26. 6. 2020
- Optimalizace programu TE-nester pro vyhledávání fragmentovaných transpozonů Bc. Ivan Vanát, bakalářská práce, 13. 2. 2020
- Výpočtové prostredie pre anotáciu DNA sekvencií transpozónov a ich prezentáciu Mgr. Michal Červeňanský, bakalářská práce, 24. 6. 2019
- Bioinformatické zpracování sekvenačních dat pro účely genetických studií Mgr. Peter Javorka, diplomová práce, 21. 6. 2018
- Segmentace DNA sekvencí ze sekvenátoru dle repetitivnosti a její vliv na další analýzy Bc. Jana Applová, bakalářská práce, 13. 2. 2018
- Komprese biologických sekvencí pomocí sufixových stromů nebo polí Mgr. Lucie Zukalová, diplomová práce, 5. 2. 2018